COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 19.542433 19.542433 18.873138
2021-04-11 17:00:00 18.437723 18.437723 19.149298
2021-04-10 17:00:00 17.177248 17.177248 19.395321
2021-04-09 17:00:00 17.603153 17.603153 19.705819
2021-04-08 17:00:00 15.950096 15.950096 20.046889
2021-04-07 17:00:00 14.897085 14.897085 20.387242
2021-04-06 17:00:00 24.940595 24.940595 20.685025

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 12.605042 12.605042 13.298976
2021-04-11 17:00:00 17.417619 17.417619 13.119986
2021-04-10 17:00:00 16.481994 16.481994 12.786793
2021-04-09 17:00:00 20.068611 20.068611 13.007595
2021-04-08 17:00:00 14.948732 14.948732 13.105131
2021-04-07 17:00:00 9.882671 9.882671 13.306120
2021-04-06 17:00:00 11.959288 2.872861 13.164698

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 33.632287 12.048193 24.645067
2021-04-11 17:00:00 33.512786 33.512786 24.658279
2021-04-10 17:00:00 24.289773 24.289773 24.250414
2021-04-09 17:00:00 27.272727 27.272727 24.139577
2021-04-08 17:00:00 28.596491 28.596491 24.187683
2021-04-07 17:00:00 21.037037 21.037037 24.115338
2021-04-06 17:00:00 10.659898 24.169435 23.971594

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 15.096860 15.096860 16.150690
2021-04-11 17:00:00 22.851638 22.851638 16.230133
2021-04-10 17:00:00 15.402002 15.402002 15.856592
2021-04-09 17:00:00 14.755043 14.755043 15.553796
2021-04-08 17:00:00 18.324226 18.324226 15.318694
2021-04-07 17:00:00 9.989737 15.908313 15.022240
2021-04-06 17:00:00 15.449011 7.261671 14.703619

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 21.025485 21.025485 15.341252
2021-04-11 17:00:00 21.977240 21.977240 15.156930
2021-04-10 17:00:00 13.440301 13.440301 15.110914
2021-04-09 17:00:00 13.426261 13.426261 15.052172
2021-04-08 17:00:00 13.152344 13.152344 15.031489
2021-04-07 17:00:00 11.882054 11.882054 15.115662
2021-04-06 17:00:00 19.715684 15.396024 14.988143

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 62.896175 62.896175 39.154448
2021-04-11 17:00:00 37.524054 37.524054 39.165530
2021-04-10 17:00:00 44.486581 44.486581 39.641137
2021-04-09 17:00:00 44.900422 44.900422 40.113160
2021-04-08 17:00:00 25.934861 25.934861 40.675376
2021-04-07 17:00:00 20.542083 20.542083 40.701459
2021-04-06 17:00:00 60.706063 23.464847 40.859772

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 17.484009 17.484009 14.295260
2021-04-11 17:00:00 13.445378 13.445378 14.352890
2021-04-10 17:00:00 17.006508 17.006508 14.385144
2021-04-09 17:00:00 12.918108 12.918108 14.527934
2021-04-08 17:00:00 13.958461 13.958461 14.928200
2021-04-07 17:00:00 12.773560 12.773560 15.290231
2021-04-06 17:00:00 12.909836 12.909836 15.614198

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 14.390742 5.380778 6.610627
2021-04-11 17:00:00 8.526777 8.526777 6.657144
2021-04-10 17:00:00 7.447567 7.447567 6.707081
2021-04-09 17:00:00 6.903363 6.903363 6.882735
2021-04-08 17:00:00 5.875107 5.875107 7.048163
2021-04-07 17:00:00 5.287874 5.287874 7.228757
2021-04-06 17:00:00 20.599595 5.718224 7.372525

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 14.312442 18.451824 16.682583
2021-04-11 17:00:00 16.222760 19.467312 16.789006
2021-04-10 17:00:00 15.589354 15.589354 16.886160
2021-04-09 17:00:00 15.111271 15.111271 17.010923
2021-04-08 17:00:00 13.414211 13.414211 16.862154
2021-04-07 17:00:00 11.105304 16.447368 16.751165
2021-04-06 17:00:00 17.159763 15.765247 16.808404

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 21.362760 21.362760 26.654661
2021-04-11 17:00:00 25.549390 25.549390 27.123486
2021-04-10 17:00:00 30.010091 30.010091 27.851139
2021-04-09 17:00:00 30.088738 30.088738 28.453880
2021-04-08 17:00:00 26.932059 26.932059 29.126686
2021-04-07 17:00:00 38.965570 38.965570 29.812336
2021-04-06 17:00:00 36.406926 9.126424 30.743170

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 11.623037 11.623037 14.958051
2021-04-11 17:00:00 16.804636 16.804636 14.976630
2021-04-10 17:00:00 16.897959 16.897959 15.194691
2021-04-09 17:00:00 16.986095 16.986095 15.562188
2021-04-08 17:00:00 17.326733 17.326733 15.745157
2021-04-07 17:00:00 8.965517 8.965517 16.307183
2021-04-06 17:00:00 20.820189 15.112422 16.270346

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 8.615385 8.615385 5.284272
2021-04-11 17:00:00 5.837174 5.837174 5.209280
2021-04-10 17:00:00 9.764919 9.764919 5.085489
2021-04-09 17:00:00 7.202680 7.202680 5.175106
2021-04-08 17:00:00 3.375527 3.375527 5.187430
2021-04-07 17:00:00 1.342282 0.723327 5.084134
2021-04-06 17:00:00 0.000000 0.000000 4.887518

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 4.810997 4.810997 6.903729
2021-04-11 17:00:00 8.105148 8.105148 7.049984
2021-04-10 17:00:00 5.523810 5.523810 7.332050
2021-04-09 17:00:00 6.828057 6.828057 7.521445
2021-04-08 17:00:00 7.953817 7.953817 7.631016
2021-04-07 17:00:00 7.163886 9.925221 7.764837
2021-04-06 17:00:00 7.113821 2.377717 7.976648

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 27.586207 27.586207 37.551734
2021-04-11 17:00:00 40.259740 40.259740 38.163538
2021-04-10 17:00:00 36.643836 36.643836 38.099027
2021-04-09 17:00:00 55.729167 55.729167 38.234981
2021-04-08 17:00:00 40.097800 40.097800 38.916981
2021-04-07 17:00:00 38.432836 38.432836 39.840711
2021-04-06 17:00:00 13.265306 13.265306 40.533213

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 21.052632 21.052632 22.012428
2021-04-11 17:00:00 24.900181 24.900181 22.266831
2021-04-10 17:00:00 17.372823 17.372823 22.447499
2021-04-09 17:00:00 23.469521 23.469521 22.694661
2021-04-08 17:00:00 22.503726 22.503726 23.175547
2021-04-07 17:00:00 19.047619 19.047619 23.509257
2021-04-06 17:00:00 26.817753 26.817753 23.704497

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 28.506471 28.506471 38.429724
2021-04-11 17:00:00 34.899846 34.899846 39.775420
2021-04-10 17:00:00 47.249869 47.249869 40.990708
2021-04-09 17:00:00 36.094317 36.094317 41.280145
2021-04-08 17:00:00 52.724359 52.724359 42.071063
2021-04-07 17:00:00 20.067157 20.067157 42.252471
2021-04-06 17:00:00 30.429212 109.513133 41.482944

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 11.880805 11.880805 9.578603
2021-04-11 17:00:00 9.964893 9.964893 9.508723
2021-04-10 17:00:00 10.625000 10.625000 9.428121
2021-04-09 17:00:00 8.864007 8.864007 9.544673
2021-04-08 17:00:00 6.707719 6.707719 9.538278
2021-04-07 17:00:00 9.160571 9.160571 9.676581
2021-04-06 17:00:00 8.437706 8.927592 9.687023

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 14.361496 14.361496 23.380152
2021-04-11 17:00:00 15.577191 15.577191 25.242944
2021-04-10 17:00:00 13.902715 13.902715 27.269501
2021-04-09 17:00:00 13.937766 57.483169 29.758947
2021-04-08 17:00:00 12.748886 63.539867 32.112282
2021-04-07 17:00:00 51.683066 51.683066 34.184077
2021-04-06 17:00:00 54.947368 54.947368 36.116386

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 17.866067 17.866067 13.624351
2021-04-11 17:00:00 15.082696 15.082696 13.872624
2021-04-10 17:00:00 13.124442 13.124442 13.888260
2021-04-09 17:00:00 14.392523 14.392523 13.939842
2021-04-08 17:00:00 12.143233 12.143233 14.019572
2021-04-07 17:00:00 12.233973 12.233973 14.123265
2021-04-06 17:00:00 21.554437 7.744926 14.187047

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 24.390244 24.390244 18.284814
2021-04-11 17:00:00 22.765599 22.765599 18.291293
2021-04-10 17:00:00 19.973719 19.973719 17.846063
2021-04-09 17:00:00 26.657825 26.657825 17.855939
2021-04-08 17:00:00 16.396568 16.396568 17.901000
2021-04-07 17:00:00 15.602837 15.602837 17.950754
2021-04-06 17:00:00 23.102310 9.253139 18.046410

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 52.459016 52.459016 27.571143
2021-04-11 17:00:00 24.137931 24.137931 28.187146
2021-04-10 17:00:00 34.977578 34.977578 27.452672
2021-04-09 17:00:00 27.083333 27.083333 26.086324
2021-04-08 17:00:00 20.000000 20.000000 24.601391
2021-04-07 17:00:00 14.987715 14.987715 23.277188
2021-04-06 17:00:00 36.559140 36.559140 21.911910

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-12 17:00:00 23.128448 23.128448 24.620217
2021-04-11 17:00:00 25.776857 25.776857 25.103306
2021-04-10 17:00:00 21.336032 21.336032 25.335475
2021-04-09 17:00:00 35.160142 35.160142 26.094802
2021-04-08 17:00:00 23.934426 23.934426 27.025244
2021-04-07 17:00:00 20.494374 20.494374 28.422515
2021-04-06 17:00:00 24.889543 24.889543 28.605615

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.605042 12.605042 13.298976
Basilicata 33.632287 12.048193 24.645067
Calabria 15.096860 15.096860 16.150690
Campania 21.025485 21.025485 15.341252
Emilia-Romagna 62.896175 62.896175 39.154448
Friuli Venezia Giulia 17.484009 17.484009 14.295260
Lazio 14.390742 5.380778 6.610627
Liguria 14.312442 18.451824 16.682583
Lombardia 21.362760 21.362760 26.654661
Marche 11.623037 11.623037 14.958051
Molise 8.615385 8.615385 5.284272
P.A. Bolzano 4.810997 4.810997 6.903729
P.A. Trento 27.586207 27.586207 37.551734
Piemonte 21.052632 21.052632 22.012428
Puglia 28.506471 28.506471 38.429724
Sardegna 11.880805 11.880805 9.578603
Sicilia 14.361496 14.361496 23.380152
Toscana 17.866067 17.866067 13.624351
Umbria 24.390244 24.390244 18.284814
Valle d'Aosta 52.459016 52.459016 27.571143
Veneto 23.128448 23.128448 24.620217

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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